Sabato 2 febbraio 2008 è stato nominato il nuovo vescovo di Pisa: mons. Giovanni Paolo Benotto, 59enne a settembre, fino a questo momento vescovo di Tivoli nel Lazio, originario di Pisa. Egli succede al bolognese mons. Alessandro Plotti, una delle figure più notevoli dell'episcopato italiano. Il ritorno a casa di mons. Benotto è stato favorito da diversi motivi. In primo luogo il rifiuto di mons. Rino Fisichella, attuale rettore della Pontificia università lateranense e uno dei vescovi ausiliari di Roma, ad accettare quella sede offertagli di persona dal segretario  di stato il cardinale Tarcisio Bertone. A favore di mons. Benotto ha giocato anche il fatto che egli ha portato a termine la sua missione a Tivoli. Vi era stato designato nel  2003.

La diocesi di Tivoli fu retta fino ad allora dal friulano mons. Pietro Garlato. Scaduto perché ultrasettantacinquenne mons. Garlato, la Santa Sede ha avviato il rinnovamento designando a nuovo vescovo don Benotto, fino a quel momento vicario della diocesi di Pisa. Assertore di una spiritualità legata al Concilio Vaticano e convinto diffusore della dottrina sociale della chiesa, mons. Benotto ha avuto la soddisfazione di vedere l'avvio della causa di beatificazione di un cittadino di Tivoli illustre: Igino giordani, ex eletto alla costituente nelle fila della democrazia cristiana e de facto il ''padre '' del movimento dei focolari, in origine fondati dalla trentina Chiara Lubich.Un'altra causa di beatificazione, essendo mons. Benotto alla guida di Tivoli, ha fatto registrare passi in avanti: quella di mons. Guglielmo Giaquinra, fondatore del sodalizio ''pro sanctitate '' e per alcuni anni vescovo di Tivoli.

 Benotto nuovo arcivescovo di Pisa: «Partito da fratello torno come padre»

"La misericordia di Dio e la benevolenza del Santo Padre mi conducono di nuovo in terra pisana dopo la bella esperienza vissuta come vescovo della Chiesa tiburtina": così monsignor Giovanni Paolo Benotto , nuovo arcivescovo di Pisa, saluta la diocesi pisana con la lettera inviata ai "sacerdoti, ai diaconi, ai religiosi, alle religiose, ai fedeli laici della Chiesa pisana e ad ogni uomo e donna di buona volontà".

"I pensieri del Signore - scrive monsignor Benotto - sono pensieri di pace e non di afflizione, di bontà e di gioia, per cui, fidandomi di Lui e del suo amore indefettibile ho obbedito alla richiesta del Papa di ritornare a Pisa come arcivescovo, con lo stesso spirito di fede e di amore con cui avevo obbedito nel momento della mia elezione a vescovo di Tivoli. Vengo a Pisa per essere a servizio della vostra fede e della vostra gioia. Sono partito da Pisa per Tivoli come fratello, ritorno a voi come padre e pastore per essere con voi e per voi, guida, sostegno, aiuto ad immagine di Gesù".

Benotto ricorda l'arcivescovo Alessandro Plotti che ha guidato la diocesi per 22 anni: "Questa Chiesa che il Santo Padre mi affida, mi viene consegnata dal nostro arcivescovo Alessandro per le cui mani ho ricevuto il grande dono dell'episcopato. A lui va la mia e la nostra riconoscenza con l'assicurazione del mio affetto e della mia preghiera". Il nuovo vescovo è pisano e l'ultima nomina che portava un sacerdote pisano sul trono arcivescovile di Pisa risal al 1806, lontana ben 202 anni. L'ultimo fu il vescovo Ranieri Alliata (1806-1836). Su questa particolarità si è espresso Plotti nell'annunciare la nomina di Benotto. "Qualcuno potrebbe sussurrare: nemo propheta in patria, ma la saggezza di monsignor Benotto saprà reinterpretare la coscienza della nostra Chiesa in un nuovo e inedito servizio pastorale come arcivescovo, che lo pone in mezzo a noi in un diverso ruolo ecclesiale.

"Dobbiamo essere orgogliosi - aggiunge Plotti - che un figlio della nostra terra pisana e della nostra Chiesa primaziale sia stato scelto dal Papa per diventare pastore e guida di questo popolo a cui, fin dalla nascita, appartiene, che lo ha generato alla fede e lo ha accompagnato nella sua crescita umana e spirituale. Esorto e invito i membri del presbiterio, ad accoglierlo con spirito di fede, di comunione e di collaborazione. Io non potrò fare altro che pregare e accompagnare il cammino del nuovo arcivescovo e di tutta la chiesa pisana, con immutato amore, simpatia, nostalgia e tanta speranza".

E la scelta di papa Benedetto XVI di indicare un pastore pisano per Pisa è stata sottolineata anche dal sindaco della città della Torre Pendente, Paolo Fontanelli (Pd): "Salutiamo con piacere la notizia della nomina del pisano monsignor Giovanni Paolo Benotto quale nuovo arcivescovo di Pisa. A nome di tutta la città gli rivolgo un bentornato, assicurando apertura al dialogo, franchezza e collaborazione che ha caratterizzato il rapporto durante i 22 anni di guida pastorale di Plotti. Un pensiero va proprio a Plotti al quale rinnovo gratitudine per l'impegno profuso per il bene della città".

Monsignor Benotto è nato nel comune di San Giuliano Terme, il 23 settembre 1949 ed è stato ordinato sacerdote il 18 giugno 1973. Nel 1973 fu chiamato dall'allora vescovo do Pisa, mons. Benvenuto Matteucci quale sua segretario particolare e gli fu affidato anche l'incarico di notaio del Tribunale Arcivescovile. Nel 1980 è priore di San. Michele Arcangelo in Oratorio nel piano di Pisa, successivamente Direttore dell'Ufficio liturgico diocesano e insegnante di Teologia liturgica al seminario Arcivescovile di Pisa. Ha fatto parte della Commissione liturgica regionale. Vicario Generale dell'Arcidiocesi di Pisa e canonico della Cattedrale pisana, dal 1993 fino al 5 luglio 2003, quando Giovanni Paolo II lo nominò vescovo di Tivoli. Ordinato Vescovo nella Chiesa Primaziale di Pisa il 7 settembre 2003, fece il suo ingresso a Tivoli il 4 ottobre 2003. Dal luglio 2006 è membro della Congregazione delle Cause dei Santi.