Sabato 2 febbraio 2008 è stato nominato il nuovo vescovo di Pisa: mons. Giovanni Paolo Benotto, 59enne a settembre, fino a questo momento vescovo di Tivoli nel Lazio, originario di Pisa. Egli succede al bolognese mons. Alessandro Plotti, una delle figure più notevoli dell'episcopato italiano. Il ritorno a casa di mons. Benotto è stato favorito da diversi motivi. In primo luogo il rifiuto di mons. Rino Fisichella, attuale rettore della Pontificia università lateranense e uno dei vescovi ausiliari di Roma, ad accettare quella sede offertagli di persona dal segretario  di stato il cardinale Tarcisio Bertone. A favore di mons. Benotto ha giocato anche il fatto che egli ha portato a termine la sua missione a Tivoli. Vi era stato designato nel  2003.